Чем раньше выполнена операция, тем лучше результаты. Дети, прооперированные в возрасте до 70 дней, имеют гораздо больше шансов на успешный исход операции. В настоящее время считается, что детям с поздно установленным диагнозом атрезии желчных протоков целесообразнее выполнять пересадку печени, а не портоэнтеростомию.