Налоксон обычно не вызывает побочных эффектов у новорожденных, кроме проявлений синдрома внезапной отмены лекарств в случае приема матерью наркотических средств. Другие побочные эффекты связаны с быстрым освобождением катехоламинов, которые могут стать причиной повышения давления, внезапной остановки сердца и аритмий. Важно помнить, что период полувыведения налоксона значительно короче, чем таковой наркотических средств.