Многообразие факторов, способных наносить вред организму, требовало создания многоэшелонной обороны. Наряду с защитными линиями, направленными против таких общих воздействий, как, например, холод, жара, дождь и т. п., возникали системы обороны от врагов, прорвавшихся внутрь организма. Примером таких систем являются сложнейшие фильтры между кровью и многими органами - гематоэнцефалический барьер вокруг мозга, гематоофтальмический барьер между кровью и тканями глаза, гематолабиринтный барьер между кровью и тканями уха и многие другие.
В крови на охрану внутренней среды организма встала многомиллионная армия лейкоцитов: стоило врагу прорваться в кровь, как на него устремлялись подвижные кровяные тельца, которые окружали, захватывали и поглощали или постепенно обезвреживали чужеродные частицы и вредоносные вещества.
Для оборонительных мероприятий в системах организма использовались самые разнообразные средства. В качестве примера можно назвать температуру тела. Как древние воины уничтожали врагов, поджигая окружающие леса, так и защитные системы организма в некоторых случаях искусственно повышают температуру тела, создавая такой жар, который оказывается губительным для многих микроорганизмов.